舟山二手房公积金贷款办理程序如下：

1. 贷款咨询：首先，购房者需要向当地住房公积金管理中心或相关银行进行贷款咨询，了解贷款政策、利率、额度、期限等相关信息。同时，购房者还需要了解自己的公积金缴存情况，以便确定是否符合贷款条件。

2. 提交贷款申请：购房者在了解清楚贷款政策后，需要填写《住房公积金个人住房贷款申请表》，并提交以下材料：

   - 申请人及配偶的身份证、户口本、结婚证（如已婚）；

   - 申请人及配偶的公积金缴存证明；

   - 购房合同或房屋所有权证；

   - 购房首付款发票或收据；

   - 其他相关材料（如购房合同备案证明、房屋评估报告等）。

3. 资料审核：住房公积金管理中心或相关银行收到购房者提交的贷款申请材料后，将对申请人的资格、购房合同、房屋权属等进行审核。审核通过后，将出具《住房公积金个人住房贷款审批通知书》。

4. 签订贷款合同：购房者在收到《住房公积金个人住房贷款审批通知书》后，需要与住房公积金管理中心或相关银行签订《住房公积金个人住房贷款合同》。合同中会明确贷款金额、期限、利率、还款方式等内容。

5. 办理抵押登记：购房者在签订贷款合同后，需要到房地产交易中心办理房屋抵押登记手续。抵押登记完成后，购房者将获得《不动产登记证明》。

6. 贷款发放：在完成上述手续后，住房公积金管理中心或相关银行将根据合同约定，将贷款资金划入购房者指定的账户。

7. 还款：购房者需要按照贷款合同的约定，按时足额还款。还款方式通常包括等额本息、等额本金、先息后本等。购房者可以通过网上银行、手机银行、自助终端等多种方式进行还款。

8. 提前还款：购房者在贷款期间，如果经济状况较好，可以选择提前还款。提前还款可以减少利息支出，但需要按照贷款合同的约定支付提前还款违约金。

9. 贷款结清：购房者在贷款期限内按时足额还款，贷款全部还清后，需要到住房公积金管理中心或相关银行办理贷款结清手续。结清手续完成后，购房者将获得《住房公积金个人住房贷款结清证明》。

总之，舟山二手房公积金贷款办理程序包括贷款咨询、提交贷款申请、资料审核、签订贷款合同、办理抵押登记、贷款发放、还款、提前还款和贷款结清等环节。在整个办理过程中，购房者需要密切关注贷款进度，确保各项手续按时完成。